Московский Локомотив является двукратным обладателем Кубка СССР, пятикратным обладателем кубка России, а также двукратным обладателем Суперкубка России. Генеральным спонсором московского клуба выступает ОАО «РЖД».
В октябре 2006 года тренерский мостик клуба покинул Славолюб Муслин. До конца сезона клуб тренировал Олег Долматов. В итоге клуб финишировал лишь третьим.
В декабре 2006 года президентом клуба назначили Ю. Семина, тренером стал А. Бышовец. По завершении чемпиона 2007 года оба специалисты оставили свои должности. Исполняющим обязанности рулевого команды был назначен Ринат Билялетдинов.
В 2008 железнодорожники результат предыдущего сезона не превзошли, однако имея большой кредит доверия Рахимов пост оставляет за собой. Правда не надолго. 28 апреля 2009 года Рахимов отстраняется от работы с командой.
В мае Главным тренером назначается Семин. Первая игра закончилась поражением. А далее была серия из 10 матчей без поражений. В итоге на финише команда стала четвертой. Это место давало право принимать участие в Европы УЕФА. При этом Локомотив был единственной командой, которая так и не проиграла ни одного матча.
2010 год
В первом матче сезона Локомотив проиграл Рубину. В следующем туре была победа. Далее шла череда победа и поражений москвичей, на носу был виден кризис, который и случился в августе. Команда вылетела из Лиги Европы и Кубка России и потерпела целую серию разгромов в чемпионате. Клуб финишировал пятым. В середине этого сезона в клуба сменился президент. Ольга Смородская Юрия Семина погнала в шею.
2011—2012
Начало сезона ознаменовалось тем, что домашняя арена железнодорожников не готова принимать матчи. Далее была победа над «Волгой», которая дала возможность возглавить таблицу чемпионата, первый раз за последние шесть лет.
16 февраля 2012 года Локомотив победил «Атлетик» из Бильбао со счетом 2:1. Выезд закончился поражением и в итоге по разнице мячей дома, Локомотив закончил участие в этом турнире.
2012—2013
По завершении чемпионата 2011—2012 контракт с Жозе Коусейру не был продолжен. Место тренера занял Славен Билич, который ранее работал со сборной Хорватии.
