Как к новичку, к ней проявили строгость и постановили для пары ее команд квалифицироваться в основную сетку через предварительный раунд с соперниками из Венесуэлы слабейшей из южноамериканской десятки. Как правило, это препятствие не представляет особой сложности для «ацтеков». А свою конкурентоспособность они показали особенно наглядно в розыгрыше

2001 года, когда сразу два их представителя «Крус Асуль» и «Америка» дошли до полуфинала. Кто знает, может, и финал получился бы чисто мексиканским, если бы согласно старому правилу эти два клубы не свели бы принудительно в одну пару.

В 2000 году формула Кубка Либертадорес перестроилась и приобрела более логичный характер. С этого момента в основную сетку попадают 32 клуба, которые разбиваются на 8 групп по 4. А далее 16 сильнейших играют навылет дома и в гостях. В европейской Лиге чемпионов точно такую же систему приняли в 2003 году. Таким образом, теперь (как это было в 1960 и 1961 году) самые престижные клубные турниры двух континентов вновь унифицировались в этом элементе.

Одновременно с переходом на новую систему КОНМЕБОЛ впервые стал градуировать представительство стран в зависимости от их силы. Если раньше всех чесали под одну гребенку, то теперь Бразилия и Аргентина получили по 4 места, остальные страны по 3, кроме Венесуэлы и Мексики, которым дают 2 на Двоих (а как они их поделят, они сами решают в предварительном раунде). Наконец, дополнительную вакансию получает та страна, чей клуб вледеет трофеем.

В начале 2002 года, вскоре после кризиса, разыгравшегося в Аргентине, над Кубком Либертадорес сгустились тучи. Были опасения, что старт розыгрыша либо будет отложен, либо не состоится вообще возникли проблемы со спонсором. Но в итоге все закончилось благополучно, и турнир начался в срок. Однако экономическое положение Кубка попрежнему далеко от идеального: в 2002 и 2003 годах премиальные клубам подверглись двукратному сокращению: сначала на 30 процентов, потом еще на 20.

После третьего, дополнительного матча «Пеньяроль» получил примущество благодаря лучшей разнице в первых двух.