При всём при этом «Автомобилист» удачно выступил в Кубке России 2002 – 2003 годов, дойдя до 1/32 финала. Ногинчане последовательно победили владимирское «Торпедо» (дома) – 2:1, костромской «Спартак» (на выезде) – 1:1 и 8:7 по пенальти, вологодское «Динамо» (снова в гостях) – 1:0. В игре 1/32 финала 15 июня на стадионе «Автомобилист» соперником ногинчан стал клуб первого дивизиона «Химки». Очевидного преимущества у гостей не было, а в первом тайме ногинчанам даже пришлось сожалеть об упущенных Семаком и Турутиным голевых моментах. В итоге – нулевая ничья и решивший судьбу выхода в следующую стадию турнира «золотой» гол, забитый капитаном химчан Зораном Амиджичем на пятой (!) добавленной мытищинским арбитром

C.Талагаевым к первому дополнительному тайму минуте.

В первенстве же дела у ногинчан шли гораздо хуже. Тем более, что в связи с очередной реорганизацией второго дивизиона занимать в своей зоне им было нужно место никак не ниже шестнадцатого. Увы, автомобилистам фатально не везло. В мае команда потерпела пять поражений подряд (без учёта успешных кубковых встреч) и все – с разницей в один мяч! В первом круге было одержано всего три победы при двух ничьих и 14 поражениях. Ногинчане балансировали между 17       и 20 местами. Затянувшийся кризис в команде послужил причиной тренерской отставки в разгар сезона. После домашнего поражения от спартаковцев Костромы (2:3) ушли В.И.Павленко и В.И.Никитенко.

Под руководством нового дуэта тренеров в лице Юрия Владимировича Нестеренко (главный тренер), ранее работавшего в кемеровском «Динамо-Кузбассе», и Юрия Ивановича Кобякова, пришедшего в коллектив из павлово-посадской ДЮСШ, «Автомобилист» дома сыграл вничью с «Ураланом Плюс» (Москва) – 2:2 и победил спировскую «БСК» – 3:1. Вновь обновился состав «Автомобилиста», который пополнил квартет игроков – Д.Колганов («Спортакадемклуб», Москва), Е.Сосулин («Ника», Москва), А.Прокудин («Витязь», Подольск) и В.Луговкин (ФК «Рыбинск»). В небольшом турнирном «окне» между первым и вторым кругами ногинчане удачно провели два товарищеских матча, обыграв дома электростальский «Космос» (3:1) и сыграв вничью со «Спартаком- Орехово» в гостях (1:1).