Во вторую вместе с ногинчанами шагнули рязанский «Спартак», владимирский «Трактор» и «Серп и Молот» (Москва). Явным фаворитом второй зоны было орехово-зуевское «Знамя труда», набравшее в итоге 46 очков. В числе лидеров были рязанцы, владимирцы, а также казанская «Искра», «Химик» (Дзержинск), пермская «Звезда» и «Зенит» (Ижевск). Ногинчане заняли восьмое место с 33 очками – 12 побед, 9 ничьих, 11 поражений, мячи – 45:38. Футболистам «Труда» удавались красивые матчи: в гостях с саранскими спартаковцами – 4:1, дома со «Спартаком» (Йошкар-Ола) – 4:0, ульяновской «Волгой» – 3:0 и «Торпедо» (Павлово) – 4:1. Но случались и крупные поражения: от орехово-зуевцев – 1:4 и владимирцев — 0:3. Вновь очень непросто сложился кубковый путь ногинчан в сезоне. На стадии 1/512 финала им удалось дома вырвать победу у ижевского «Зенита» – 3:2, но через несколько дней в выездной игре 1/256 финала в Туле против «Металлурга» их постигла неудача — 0:1. Немного лучше выступили ногинчане в 1965 году в той же 2-й зоне РСФСР. Правда теперь уже ногинская команда называлась «Знамя». Финишировали они на шестом месте с 43 очками, одержав по ходу сезона 17 побед, 9 матчей сведя вничью и 10 проиграв. В ворота соперников было забито 43 мяча, в свои пропущено 25. Ногинским футболистам удалось крупно обыграть тюменский «Нефтяник» – 4:0 и владимирский «Трактор» – 3:0, при этом ещё в пяти матчах «Знамя» выигрывало со счётом 2:0. Интересно, что все поражения «Знамя» потерпело с разницей всего в один мяч: четырежды – 0:1 и шесть раз – 1:2. При этом ногинские футболисты уступили и в гостях, и дома спартаковским командам Рязани и Йошкар-Олы. Именно рязанцы выиграли зональный турнир, набрав в 36 матчах 51 очко. Вслед за ними шли клубы из Казани, Дзержинска, Йошкар- Олы и Ижевска.

В Кубке страны первая же игра оказалась для «Знамени» последней. В конце апреля дома они неудачно сыграли с пермской «Звездой» – 1:2. Это была стадия 1/1024 финала.

Сезон-1965 был ознаменован выступлением за ногинчан двух интересных нападающих. Один из них – 32-летний мастер спорта Генрих Федосов уже завершал свою карьеру. До глуховского спортклуба он поиграл за «Крылья Советов» (Молотов), московское и кировское «Динамо», ярославский «Шинник».