В 1994 году по инициативе тренера СДЮШОР-15 Валерия Скрыпникова и ставшего впоследствии начальником команды Анатолия Котова в Воронеже был создан мини-футбольный клуб «Маяк».

Его основу составили выпускники спецкласса СДЮШОР-15 1977-1978 годов рождения. С момента образования молодая воронежская команда постоянно испытывала дефицит внимания со стороны власть имущих. Руководство неоднократно пыталось найти спонсоров и в дебютном сезоне дважды меняло название («Маяк-ВАССА» и «Маяк-Фобос»), но это практически не повлияло на финансовое положение клуба. Тем не менее, с точки зрения турнирных показателей, свой дебютный сезон в чемпионате России среди команд первой лиги подопечные Валерия Скрыпникова завершили вполне успешно: 15-е место среди 30 команд.

В сезоне-95/96 клуб сменил название на МФК «Воронеж», и в качестве генерального директора его возглавил бизнесмен Владислав Кириллов. Перед командой ставилась задача через два-три года пробиться в высшую лигу (именно так тогда именовался элитный дивизион). Возможно, этим планам суждено было сбыться, но финансовая обстановка оставляла желать лучшего. Это тем более обидно, что мини-футбол не требует больших финансовых затрат, а молодые воронежские игроки играли практически бесплатно.

Сезон-96/97 стал наиболее успешным в короткой истории МФК «Воронеж» и, к сожалению, последним. Вначале команда успешно прошла зональный турнир, затем удачно провела матчи в полуфинале. Воронежцы пробились в финал, но не смогли в нём участвовать из-за полного отсутствия финансовых средств. На этом МФК «Воронеж» прекратил существование.