«Энергетику» предстояло продолжить спор с командами, разыгрывающими места с 17-го по 32-е. Набрав всего 10 очков из 32-х возможных, душанбинцы заняли в итоге 29-ю строчку в таблице. Лучшим бомбардиром «Энергетика» в сезоне 1965 года с 14-ю забитыми мячами стал Г. Кайшаури.

Вот как расположились команды во втором финальном турнире:

В 1965 году в составе «Энергетика» выступали: Л. Кириленко — 45(1), В. Королев — 45(3), В. Гулямхайдаров — 43, Г. Кайшаури — 43(14), В. Ананьин — 38(1), Г. Гвенцадзе — 38(5), Ю. Пекшее — 36(2), Ю. Рынков — 36, В. Хлебников — 36, С. Султанов — 31(2), Д. Берикашвили — 29, В. Журавов — 23, Р. Хамидов — 22(6), Г. Петренко — 19(1), В. Самаров — 19(3), В. Маруфи — 13, В. Фролов — 10, О. Хаби — 8, В. Рудаев — 7, Г. Шепилов — 6(1), Г. Вдовин — 2, В. Бородин —    1, С. Мирзоев —1, В. Сорокин — 1.

Начальник команды и старший тренер — А. И. Зазроев. Тренеры — Ю. Р. Вахидов и Н. Г. Потанов.

В 1966 году чемпионат во 2-й группе класса «А», в отличие от двух предыдущих сезонов, проходил без предварительных и финальных турниров. «Энергетик» был включен в третью подгруппу вместе с командами Сибири, Урала, Средней Азии и Казахстана, которые должны были разыграть первенство в два круга.

По сравнению с 1965 годом в команде произошли некоторые изменения. Покинул «Энергетик» его лучший бомбардир предыдущего сезона Г. Кайшаури, закончил свои выступления в большом футболе В. Хлебников, несколько игроков было отчислено из коллектива за низкие спортивные показатели. На смену им пришло неплохое пополнение. Возвратились в родную команду Ф. Церр и Ю. Федосов, дебютировали вратарь В. Гончаренко и полузащитник В. Макаров.