Однако на следующем этапе розыгрыша душанбинцы «сошли с
дистанции», уступив в 1/16 финала московскому «Динамо».
В 1979—1982 г.г. кубковые соревнования проходили по необычной, групповой системе. Команды высшей, первой и, лучшие, второй лиг были распределены по зонам, где играли между собой в один круг. Победители зон получали право на участие в дальнейших состязаниях, где матчи проходили уже по олимпийскому, кубковому принципу — проигравший выбывает.
В 1979 году местом проведения игр команд 3-й зоны был избран Душанбе, где вместе с хозяевами турнира играли также донецкий «Шахтер», «Днепр» из Днепропетровска, ташкентский «Пахтакор», фрунзенская «Алга» и «Трактор» из Павлодара. Душанбинцы блестяще выступили в турнире, поочередно переиграв всех своих соперников, и получили право выступить в 1/4 финала. Это достижение, кстати, является наилучшим за все время выступлений «Памира» в кубке страны.
За место в полуфинале «Памир» должен был теперь поспорить во Львове с «Карпатами», но серьезной борьбы, к сожалению, не получилось. «Комплекс» «Карпат» и на сей раз дал
о себе знать — душанбинцы уступили — 1:3. Интересно, что с львовянами «Памир» провел наибольшее число кубковых поединков и ни разу не сумел пройти «карпатский барьер».
В 1980 году в Душанбе соревновались команды 7-й кубковой зоны. Соперниками «Памира» стали армейские команды Москвы и Ростова, а также «Уралмаш», «Колхозчи» и «Гурия».
На сей раз, наши футболисты выступили в зональном турнире не так успешно как в прошлом году. Они уступили ЦСКА — 0:2 и поделили очки с ростовчанами. Приятное впечатление для болельщиков «Памира» оставил матч с «Гурией», где хозяева одержали победу со счетом — 5:1. Этот выигрыш стал наиболее крупным в кубковой истории «Памира».
