Структура и стратегия FSA оказались малопривлекательными для фэнов команд, которые находились в давней оппозиции друг к другу. Болельщики одних клубов не желали сотрудничать с болельщиками других клубов. Например, в Мерсисайдском филиале FSA (одном из крупнейших в стране) были формально объединены болельщики «Ливерпуля», «Эвертона» и «Транмера». Кроме того, распространенное среди болельщиков мнение о том, что FSA является организацией, отстаивающей интересы среднего класса, также наносило ущерб ее имиджу и лишало права выступать от имени всех болельщиков. По мере сокращения численности болельщиков, FSA утратила и влияние в обществе. О ней даже стали говорить как о чисто английской организации, членами которой никогда не были шотландские болельщики. К середине 1990-х годов у FSA было меньше сторонников, чем у некоторых независимых фан-клубов, а ее региональные филиалы перестали эффективно функционировать или совсем закрылись, как, например, на северо-востоке страны.

Тем не менее FSA сохранила свои позиции в СМИ и нередко пользуется этой трибуной для освещения вопросов, связанных с ситуацией в национальной сборной, или оценки правительственной политики в футболе. Она продолжает выполнять незаметную, но важную практическую работу. Так, при ее помощи были организованы «фан-представительства» британских болельщиков в Италии (1990), в Швеции (1992) и во Франции (1998), а также на чемпионате Европы в Англии в 1996 году. Ассоциация поддерживает связи с местными и государственными органами власти. Переломным моментом для FSA стало создание в 1992 году Премьер-лиги Футбольной ассоциации, когда контроль над главными футбольными событиями перешел от ФЛ и ФА к председателям 20 клубов— участников Премьер-лиги, что способствовало стабилизации ситуации в британском футболе, эффективному проведению футбольных кампаний на местном, клубном уровне. С этого момента численность FSA резко сократилась, что лишило ее финансовой поддержки. Преодоление кризиса в британском футболе и обеспечение прав болельщиков, скорее всего, сыграло определяющую роль в снижении авторитета Ассоциации футбольных болельщиков в 1990-е годы.