Гэльская спортивная ассоциация (GAA) запретила своим командам играть в футбол, считая его «иностранной» («гарнизонной») игрой. В первые годы своего существования ИФА существовала за счет поддержки британских войск, расквартированных в Ирландии. Полковые футбольные команды «Блэк Уотч» и «Гордон Хайлендерс» выигрывали Кубок Ирландии, а команды «Норт Стаффордшир Режимент», «Скоттиш Бордерс» и «Ройал Скоте» достойно выступали в Ирландской

футбольной лиге, однако участие военных создавало проблемы для успешного развития ирландского футбола как национальной игры. ИФА встретила противодействие со стороны Гэльской спортивной ассоциации и представителей ирландских националистов, недовольных усилением роли британских вооруженных сил в становлении футбола и ослаблением позиций в нем ИФА. Достаточно сказать, что в чемпионате Ирландской лиги всегда побеждала команда из Ольстера, а сам приз не покидал пределов Белфаста до 1952 года, когда победу одержал клуб «Гленавон».

Доминирование Ольстера в ирландском футболе отрицательно сказывалось на ситуации в стране с учетом обострения политических конфликтов в 1912—1922 годах. В 1892 году с санкции ИФА была образована Лейнстерская футбольная ассоциация для развития футбола в Дублине и его окрестностях. Это решение стало молчаливым признанием того факта, что многие националисты рассматривали ИФА как организацию, которая запятнала себя связями с британской администрацией и военным командованием. В годы ирландской революции клубы за пределами Ольстера отказывались проводить регулярные матчи из-за политической ситуации в стране. В 1919 году все дублинские клубы вышли из состава Ирландской лиги. С разделом страны в 1921 году на Северную Ирландию и Ирландское свободное государство (впоследствии Республика Ирландия) произошли изменения и в структуре управления футболом. В ведении ИФА остались клубы шести графств Северной Ирландии, а Футбольная ассоциация Ирландского свободного государства (FAIFS) получила контроль над клубами 26 южных графств. FAIFS в сезоне 1921/22 года провела собственный чемпионат лиги и кубковые соревнования. В 1923 году ФИФА признала FAIFS членом своей организации.