Деятельность ассоциации была одобрена чиновниками ФА и Футбольной лиги, а также руководством клубов.

Однако уже в 1909 году попытки профсоюза улаживать разногласия в судебном порядке привели к ее конфликту с ФА. Управляющий орган футбола усмотрел в этом нарушение своих правил, расторг отношения с AFPU и на очередном ежегодном собрании в июле призвал как своих чиновников, так и рядовых членов выйти из состава профсоюза. Со своей стороны AFPU, теперь примкнувший к Генеральной федерации профсоюзов (GFTU), стал

готовиться к забастовке в новом сезоне, который должен был начаться в сентябре. В конце концов официальные лица пришли к компромиссу, который предполагал возобновление отношений с ФА в обмен на выход из GFTU. Новую неудачу профсоюз потерпел в 1912 году, когда не смог доказать незаконность трансферной системы в «показательном деле» бывшего игрока «Астон Виллы» Чарльза Кингби.

Несмотря на пополнение своих рядов и расширение сферы деятельности, главной целью профсоюза оставалась отмена системы трансферов и предельного уровня зарплаты для игроков, но успехи на этом поприще были достигнуты лишь после 1945 года. В период председательства Джимми Гатри (1946—1957) профсоюз стал проводить более воинственную политику и пользовался растущей популярностью, что позволило добиться ряда уступок со стороны руководства клубов в отношении вознаграждения игроков и других выплат. Он добился поддержки в этом вопросе от влиятельных организаций, в частности министерства труда (и его арбитражного аппарата) и Профсоюзного конгресса, в ряды которого вступил в 1955 году.

Избрание Джимми Хилла на пост председателя в 1957 году стало свидетельством успеха профсоюза и упрочившегося положения его членов. Хилл был опытным деятелем, свободно общался с прессой. Ему удалось значительно повысить имидж организации. При нем было принято решение переименовать Союз игроков и тренеров Футбольной ассоциации (назван после Первой мировой войны) в Ассоциацию профессиональных футболистов.

В начале 1960-х годов PFA окончательно устранила главные препятствия, мешавшие работе футболистов.